Perjuangan Gereja Toraja berawal dari benih injil yang ditaburkan oleh guru-guru sekolah Landschap anggota Indische Kerk-Gereja Protestan Indonesia, yang dibuka oleh pemerintah Hindia Belanda pada tahun 1908. Para guru ini berasal dari Ambon, Minahasa, Sangir, Kupang, dan Jawa. Atas pimpinan dan kuasa Roh Kudus, terjadilah pembaptisan yang pertama pada tanggal 16 Maret 1913 kepada 20 orang murid sekolah Lanschap di Makale oleh Hulpprediker F. Kelleng dari Bontain.

Pemberitaan injil kemudian di lanjutkan secara intensif oleh Gereformerde Zendingsbond (GZB). GZB adalah sebuah badan zending yang didirikan oleh anggota-anggota Nederlandse Hervormde Kerk NHK yang menganut paham gereformeerd. Utusan pertama GZB adalah Pdt. A.A. van de Loosdrecht yang tiba di Tana Toraja 7 Nopember 1913 dan hanya melayani dalam waktu singkat karena menjadi martir pada tanggal 26 Juli 1917.

Setelah karya para zendeling, Injil terus berkembang dengan berdirinya sejumlah jemaat, hingga pada sidang Sinode yang pertama, 25 Maret 1947, Gereja ini menyatakan berdiri sendiri dan menamakan diri Gereja Toraja. Dalam aras ekumene, Gereja Toraja telah menjadi anggota PGI sejak awal terbentuknya di Malino, 1947. Selanjutnya tahun 1964 menjadi anggota CCA dan tahun 1967 sebagai anggota WCC.

Pertanggal 13 Juni 2022 Gereja Toraja beranggotakan 1.144 Jemaat yang terbagi dalam 95 Klasis dan dalam 6 Wilayah Pelayanan serta tersebar di 17 propinsi di seluruh Indonesia. Dalam sepanjang sejarahnya, hingga kini 1.234 warga Gereja Toraja telah menerima pengurapan sebagai pendeta, 980 di antaranya sedang melayani di Jemaat, dan 38 lainnya sebagai Pendeta Tugas Khusus.